Continuando con la oferta iniciada en Educación Primaria, el colegio permite la escolarización de sus alumnos en dos modelos lingüísticos: el modelo G(castellano) y (castellano con 3 horas de euskera).

La apuesta por la enseñanza de idiomas de Educación Primaria se completa con la inclusión de la asignatura optativa de Francés en Educación Secundaria. A partir de 3º ESO y en cualquiera de los tres idiomas, el alumnado que lo desee tiene la oportunidad de obtener una certificación oficial en la EOIDNA, institución con la que el centro  mantiene un convenio de colaboración. 

Las Inteligencias Múltiples y el aprendizaje por competencias constituyen el paradigma pedagógico en esta etapa. Al igual que en Educación Primaria, el aprendizaje colaborativo en el aula, los proyectos de comprensión, PBLs (Problem Based Learning), destrezas de pensamiento y las nuevas herramientas de evaluación (rúbricas, dianas, coevaluación, etc) son reflejo de este nuevo modo de entender la educación. Con el fin de ampliar el campo de destrezas y habilidades que habitualmente se ha atribuido a la escuela, el centro organiza unos “Talleres de expertos” o “Workshops” que aportan aprendizajes prácticos y desarrollan todas las inteligencias del alumnado.

 Completa la oferta formativa de la etapa un amplio conjunto de actividades culturales y formativas: Semana Verde, visitas al extranjero, teatro, visitas a exposiciones, conferencias, talleres medioambientales, etc.